華電天然氣香港有限公司下設三個部門：綜合管理部、投資部及資本運營與融資部。其中，綜合管理部主要負責行政管理、人力資源管理、財務管理、合同與商法管理和檔案管理等職能業務；投資部主要負責境外項目投資與并購、項目可行性分析、項目談判與投資計劃管理。資本運營與融資部主要負責建立香港公司資信，開展融資談判和對各個境外公司資產進行管理。