截至2020年底，公司系統按管理層級劃分為2層。新加坡公司上級管理單位為中國華電集團清潔能源有限公司，公司無下屬企業。

公司系統按法人層級劃分3層。新加坡公司由華電天然氣香港有限公司直接控股，華電天然氣香港有限公司為清潔能源公司全資子企業。

新加坡公司按照企業內部控制規范體系要求，構建由公司董事會、管理層和內部職能崗位/部門共同參與的管理架構。公司采用董事會領導下的總經理負責制，根據國資委、集團公司和清潔能源公司有關政策要求，結合駐在地法律法規，因地制宜開展企業內控體系建設、執行和監管相關工作。

在組織架構方面，目前公司下設三個部門：綜合管理部、貿易部、執行部。其中綜合管理部，主要負責行政管理、人力資源管理、財務管理、合同與商法管理及檔案管理等職能性工作；貿易部，負責LNG長期、中短期合同談判與簽署、LNG現貨采購工作；執行部，負責LNG合同的執行工作。